Ir a Blast en Genbank. Hacer una búsqueda de proteínas ("protein blast"), usando como "proteína" de consulta el nombre del alumno, limitado a los aminoácidos estándar (ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY); por ejemplo, yo buscaría ANDRESMREIRA.
Tomen nota de la base de datos que usan y de los parámetros de la búsqueda (abajo en "Algorithm parameters"), de modo que yo pueda luego repetir sus querys.
Para el mejor match obtenido por la búsqueda:
- Muestre el dotplot entre su nombre (en la forma que se usó en la búsqueda) y un segmento de la proteína encontrada, que incluya el match.
- Muestre el alineamiento entre su nombre y el segmento de la proteína.
- ¿Qué función cumple la proteína? ¿Se sabe con certeza (base experimental), o es una hipótesis?
- El organismo en que la encontró: ¿qué es? (clasificación, descripción, imagen si existe)
- ¿Dónde y cómo está codificada la proteína? (Indique la ubicación de la CDS -"coding sequence"- de DNA que codifica la proteína, y acaso está en la hebra primaria o secundaria, si es continua o tiene interrupciones, etc.; incluya el código de acceso o URL de la secuencia de DNA)
- ¿Qué origen tienen los datos? (¿fue proyecto de secuenciamiento masivo? ¿Paper específico sobre el gen? ¿Estudio filogenético?)
Considerando ahora además los 5 matches siguiente (por lo tanto, 6 secuencias encontradas),
- ¿En qué organismos están? ¿Son especies cercanas a las del primer match?
- Dibuje el "árbol familiar" que muestre las relaciones entre los 6 organismos, de acuerdo a la información en Genbank.
Enviar por mail hasta el lunes 19 de octubre.
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Profesor puede una proteína no tener publicados los CDS??
ResponderEliminarPosible, aunque muy poco probable. Tendrían que haber secuenciado la proteína misma, sin conocer el gen, o bien ser una proteína 100% artificial. Revisa bien!
ResponderEliminarPero a diferencia de otros que estuve viendo, donde si aparece en la parte de features CDs, este solo tiene source, SecStr, region y cite.
ResponderEliminarQuizas debo ver en otro lado ?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/2DB5_A?log$=seqview_status
Me temo que efectivamente tuviste mala suerte, te salió una proteína de un experimento! No está producida por un gen, sino por "Cell-free protein synthesis", o sea, por un sistema de fabricación de proteínas en laboratorio (se explica, por ejemplo, en http://promega.wordpress.com/2009/03/16/cell-free-protein-synthesis/
ResponderEliminarComo no quiero que te saltes la parte de la CDS, elige: puedes tomar el segundo o tercer match (alguno que tenga CDS!), o si no, explica lo de la síntesis sin célula (un párrafo sin demasiado detalle -pero también sin errores- estaría ok).
Comentario al margen: ahora corregí la configuración, para permitir comentarios de cualquiera (no me había dado cuenta de que estaba configurado para exigir usuarios registrados).
ResponderEliminarProfesor, debemos enviar la tarea al mail
ResponderEliminaramoreira@inf.utfsm.cl
o a otro ?
Saludos